Ekosysteemitutkimusta vaikeuttavat monet tekijät:

On vaikea löytää riittävästi eri biologian alojen tutkijoita saman projektin työhön (mm. lajituntemuksen ongelmat!),  maansisäisten kasviosien (juuristojen) ja maaperän pieneliömaailman (bakteerit ym.) tutkiminen on hankalaa jne.

 Ekosysteemin rajaaminen on usein käytännössä varsin vaikeaa. Pieni lampi näyttää selvärajaiselta, mutta siihenkin tulee vaikutteita ympäristöstä (vesi virtaa maaperässä lampeen ja siitä pois, kariketta tippuu ympäristöstä lammen veteen,  jotkut linnut ja hyönteiset käyttävät lampea hyväkseen, mutta liikkuvat myös muissa lähistön ekosysteemeissä jne. Vesistön valuma-alue olisi jo luonnonmukaisempi rajaus kuin siihen kuuluvan yhden lammikon rajaaminen rantavivaa pitkin.

On myös vaikea määritellä tiettyyn metsätyyppiin kuuluvan metsäalueen rajat. Vähintään ilmakehän kautta on tuolla alueella yhteys muihin ympäristössä oleviin metsalueisiin ja muihinkin ekosysteemeihin. Jotta voitaisiin ratkaista, kuinka edustava tutkimuskohteemme on, täytyisi huomioida mm., missä sukkession vaiheessa po. ekosysteemi on, ja miten voimakas siinä on ihmisen toiminnan vaikutus.

Tällainen näkymä on nykyään hyvin yleinen Pohjois-Suomessa. Missä on metsän ja suon
välinen tai suon ja lammen välinen ekosysteemiraja?
Tai missä ihmisen vaikutus metsään on voimakasta, missä vähäisempää?
Miten tässä maisemassa systeemit ovat verkostoituneet ja mikä on niiden itsenäisyysaste?

Voitaisiin jopa väittää, että koko maapallo on yhtä ja samaa ekosysteemiä. Tällaisen jättiläisekosysteemin tutkiminen on kuitenkin erittäin vaikeaa (eräitä poikkeuksia lukuunottamatta). Tutkijan on tyydyttävä pienempiin kokonaisuuksin selvitellessään ekosysteemin toimintaa. Aika pitkälle näin päästäänkin ainakin systeemin tärkeimpien tekijöiden tai muuttuvien ympäristövaikutusten selvityksissä (esim. ekosysteemien käytännön hoito ja suojelu). Myös monet populaatio- ja yhteisötutkimukset tuottavat hyödyllistä tietoa koko ekosysteemin toiminnan kannalta katsoen,