Haluatko tutkijaksi? – Tutkijan opintopolku
Laskennallisen lääketieteen alalle tie käy usein väitöskirjaopintojen kautta. Nämä noin neljän vuoden mittaiset opinnot ovat tutkijanuran ensiaskel ja huipentuvat tohtorin tutkinnon suorittamiseen. Vaikka väitöskirjatutkijan tulee suorittaa joitain kursseja, niin valtaosa ajasta käytetään kuitenkin tutkimustyöhön, ja käytännössä väitöstutkimuksen teko onkin ainakin meidän osaltamme pitkälti tavallista palkkatyötä. Ennen väitöskirjaopintoja tuleva tutkija on yleensä hankkinut ylemmän korkeakoulututkinnon soveltuvalta alalta. Tavallinen tausta on maisterintutkinto esimerkiksi genetiikan, tilastotieteen tai biokemian alalta. Aiempien opintojen aikana opiskelija on voinut saada alasta maistiaisen esimerkiksi harjoittelun tai pro gradu -työn suorittamisen aikana. Väitöskirjaprosessin aikana aiemmin hankittuja taitoja opitaan syvällisemmin ymmärtämään ja soveltamaan päivittäiseen työskentelyyn. Lisäksi opitaan tutkijanuralla vaadittavia yleistaitoja, kuten kykyä kriittiseen ajatteluun, itsenäiseen työskentelyyn ja sujuvaan tieteelliseen viestintään.
Tutkimuksen arkipäivää
Yhden projektin voi jakaa useisiin vaiheisiin. Tutkimusidean pohjalta tehdään alustava suunnitelma toteutettavista analyyseista, mutta tähän tulee usein muutoksia tulosten mukaan. Analyysivaihe vie tavallisesti joitain kuukausia. Sen jälkeen onkin aika kirjoittaa artikkeli, jossa raportoidaan tutkimustulokset. Artikkelia tarjotaan julkaistavaksi sopivalle lehdelle, jossa työn tulokset vertaisarvioidaan työryhmän ulkopuolisten alan asiantuntijoiden toimesta. Heidän ja toimittajien ehdottamien muokkausten parissa vierähtää myös aikaa. Lopuksi lehti julkaisee artikkelin kaikkien nähtäville. Yhteensä aikaa projektiin menee tavallisesti ainakin reilu vuosi. Väitöskirjatutkijan tyypillinen työpäivä kuluukin yleensä analyysien tekoon tai artikkelin kirjoitukseen. Työskentely onnistuu niin etänä kuin toimistollakin - toimistolla työpäivää toki piristävät kollegojen kanssa kahvihuoneessa käytävät keskustelut. Vaihtelua arkeen tuovat yliopistolla järjestettävät seminaarit ja väitöskirjaopintoihin liittyvät kurssit.
Terveyden työkalut
Analyysityökalujen ja keskeisten menetelmien hallitseminen on olennainen osa tutkijan taitorepertuaaria. Niiden hyvä hallinta nopeuttaa analyysivaihetta huomattavasti. Ohjelmistoista erityisen tutuiksi tulevat esimerkiksi R ja komentorivi (CLI). Meidän tutkimuksissamme keskeisin menetelmä on genominlaajuinen assosiaatioanalyysi (GWAS). Menetelmässä testataan miljoonien geneettisten varianttien yhteyttä tutkittavaan ominaisuuteen, kuten pituuteen, johonkin sairauteen tai vaikkapa kahvinkulutuksen määrään. Mikäli jonkin variantin yhteys tutkimussairauteen saavuttaa genominlaajuisen merkitsevyyden raja-arvon, voidaan olettaa, että sen läheisyydessä on tutkittavaan ominaisuuteen vaikuttava geeni. Näiden tulosten pohjalta voidaan esimerkiksi kehittää uusia lääkkeitä sairauksiin. GWAS-tuloksia voidaan hyödyntää myös jatkoanalyyseissa. Esimerkiksi mendeliaanisen satunnaistamisen (Mendelian randomization, MR) avulla voidaan selvittää kausaali- eli syy-seuraussuhteita eri ominaisuuksien välillä.
Kaikenlaisia kollegoita
Työ tutkijana vaatii kykyä itsenäiseen työskentelyyn ja omien aikataulujen suunnitteluun, mutta harvoin projekteja kuitenkaan toteutetaan täysin yksin. Tutkimus onkin usein moniammatillista yhteistyötä – samaan projektiin voi osallistua koulutustaustaltaan värikäs porukka esimerkiksi lääkäreitä, erikoislääkäreitä, muita terveydenhuollon ammattilaisia, biologeja, matemaatikoita, fyysikoita, kemistejä, kauppatieteilijöitä, tilastotieteilijöitä… Lopullisen julkaistun artikkelin kirjoittajaliutaan voikin kuulua henkilöitä useista yliopistoista ympäri maailman, tai jopa esimerkiksi kokonaisen biopankin henkilöstö. Tutkimusprojekteja ryhmässämme tehdäänkin laajalla skaalalla: allekirjoittaneet ovat työskennelleet muun muassa selkäsairauksien, ihotautien, infektiosairauksien ja naistentautien parissa. Arkisessa kanssakäymisessä korostuu kuitenkin oma tutkimusryhmä, ohjaajat ja toiset väitöskirjatutkijat. Datatutkijan tärkein tehtävä moniammatillisessa työyhteisössä on tuntea aineisto ja osata käsitellä sitä edellä mainittujen työkalujen avulla.
Kuinka tietovuoto estetään?
Lääketieteellisessä tutkimuksessa kenties keskeisin eettinen kysymys on tutkimuskohteiden eli potilaiden yksityisyyden suojaaminen. Lain mukaan potilastiedot ovat aina salassa pidettäviä tietoja, eikä niitä saa luovuttaa sivullisille. Emme siis saa kaivaa rekistereistä Matti tai Maija Meikäläisen diagnoosilistaa, ja kertoa sitä Meikäläisten naapurille – vaikka naapuri siitä maksaisi hyvän summan. Emmekä onneksi voisikaan, sillä potilaiden yksityisyyden suojaamiseksi on tehty laajasti toimenpiteitä jo ennen kuin data edes päätyy tutkijan käsiin. Terveydenhuollossa potilasnäytteitä ja tietoja käsitellään tietoturva -ja suoja huomioon ottaen. Biopankkeihin päätyessään näytteet pseudonymisoidaan, eli potilaan henkilötunnus korvataan koodilla, josta henkilöllisyyttä ei voida päätellä. Dataa myös käsitellään tietoturvallisilla palvelimilla, josta sitä ei pysty sellaisenaan lataamaan edes omalle tietokoneelle. Salasanojenkin luonnollisesti tulee olla monimutkaisempia kuin ”123123”.
Tervettä itsekritiikkiä
Laskennallisen analyysin tekeminen voi nykyisillä työkaluilla olla jopa helppoa, mutta tuloksen tulkinta voi aiheuttaa enemmän päänvaivaa. Esimerkiksi MR on menetelmänä herkkä, joten tuloksia täytyy testata sekoittavien muuttujien varalta. Toinen tavallinen päänvaivaa aiheuttava seikka on erilaiset dataformaatit. Esimerkiksi eri biopankeissa tulokset on voitu raportoida eri tavoin jolloin tulosten yhteensovittaminen vaatii tarkkuutta. Työ vaatiikin paljon kriittisyyttä omia tuloksia kohtaan. Tulos, joka poikkeaa huomattavasti aiemmista tutkimustuloksista, on syytä tarkistaa huolella.
Alhoista auvoon
Kuten aiemmin mainittua, tutkimusprojektin suunnitelma on yleensä varsin pääpiirteinen. Harvemmin kaikki tutkimuksessa sujuu aivan suoraviivaisesti, vaan analyyseja saattaa joutua uusimaan tai suunnitelmat vain muuttuvat lennosta aivan toisenlaisiksi. Muuttuvien suunnitelmien ja uusittavien analyysien välillä saattaakin datatutkija toisinaan löytää itsensä epätoivon syövereistä. Onneksi huippuhetkiäkin on: esimerkiksi löytämisen riemu aiemmin tutkimussairauden yhteydessä raportoimattomasta geenistä. Myös projektin saattaminen päätökseen, eli käytännössä tutkimusartikkelin julkaisu, on aina pienen juhlan paikka ja väitöskirjatutkijalle myös virstanpylväs matkalla kohti tohtorinhattua.
Kirjoittajat
Jasmin Takala
Terveyttä tutkimassa -blogissa kirjoitetaan väestöterveyden ja lääketieteen tutkimukseen liittyvistä aiheista sekä esitellään ja pohditaan ajankohtaisia aiheeseen liittyviä ilmiöitä. Kirjoittajina toimivat pääasiassa lääketieteellisen tiedekunnan tutkijat.